Bujinkan traditionen indeholder ni Ryu-ha eller skoler, hver med deres række af stormestre. Da skolerne er gamle og flere rækker helt tilbage til etableringen af Ryu-ha, tæller det et stort antal stormestre. At redegøre for alle Soke linjerne her vil være uoverskueligt. Derfor er her beskrevet den nuværende Soke, samt to generationer tilbage. Nedenfor er en forklaring på de termer anvendt i teksterne om storemestrene.
Ryu-haen er en skole eller tradition, der bliver videregivet med sin viden og kundskaber ved hver generation. Ryu-haen går i arv til en ny stormester, som benævnes Soke. Soke kan oversættes til familieoverhoved og han har det suveræne lederskab. Han er den ansvarlige for at Ryu-haen føres videre. Foruden Soke linien kan der i en Ryu-ha være en instruktør linje sideløbende. Instruktørerne kaldes Shihan-ke, og har ofte ansvaret for træningen og at denne bliver videregivet til næste generation. En dygtig Budoka (elev) kan opnå at få Menkyo kaiden i en Ryu-ha. Menkyo kaiden er det højst opnåelige licens, og giver som regel ret til at undervise og oprette sin egen dojo.
I historisk perspektiv opstod Ryu-ha skolerne som følge af den lange borgerkrigsperiode i Japan. Da den døde ud begyndte Ryu-haerne en naturlig udfasning. Samtidig vendte Japan sig mod vestlig militær strategi, og det betød for alvor at skolerne blev overflødige. Officielt sluttede samuraitiden og dermed anvendelsen af Ryu-ha i året 1886. Denne indsnævring af interesse for skolerne, samt personer som var i stand til at videreføre dem, betød at flere og flere skoler kom under samme Soke. Denne tendens kan stadig ses hos mange af de Ryu-ha som har overlevet til i dag.